তবে ২০১৩ সালে যুদ্ধাপরাধীদের বিচারের দাবিতে গণজাগরণ মঞ্চ গড়ে উঠলে এর বিরোধীতায় নানা দাবি জানানোর পাশাপাশি রাজধানীতে তান্ডব চালিয়ে সংগঠনটি আলোচনায় আসে। শুরুতে বিএনপি-জামায়াত এবং জাতীয় পার্টি হেফাজতকে সমর্থন দিলেও পরে সরকারের সঙ্গে হেফাজতের একটি অংশের সখ্যতা গড়ে ওঠে ।

২০১০ এর ১৯শে জানুয়ারি চট্টগ্রামের প্রায় একশোটি কওমি মাদ্রাসার শিক্ষকদের নিয়ে গঠিত হয় হেফাজত ইসলাম । হাটহাজারী মাদ্রাসার পরিচালক শাহ আহমদ শফী এবং ইসলামী ঐক্যজোটের একাংশের চেয়ারম্যান হরকাতুল জেহাদের উপদেষ্টা মুফতি ইযহারুল ইসলাম এই সংগঠনটির প্রতিষ্ঠাতা। ২০১০ সালে শিক্ষানীতির বিরোধিতার মধ্য দিয়ে আত্মপ্রকাশ করে সংগঠনটি ।

২০১১ সালে তারা বাংলাদেশ নারী উন্নয়ন নীতির কয়েকটি ধারাকে ইসলামের সাথে সাঙ্ঘর্ষিক দাবি করে এর তীব্র বিরোধিতা করে হেফাজত। দেশে ইসলামী শাসন প্রতিষ্ঠার লক্ষ্যে হেফাজত ব্লাসফেমী আইন প্রবর্তনসহ ১৩ দফা দাবিতে ২০১৩ সালের ৬ এপ্রিল ঢাকামুখী লংমার্চের ডাক দেয়। ৬ই এপ্রিল মতিঝিলের শাপলা চত্বরে প্রথম সমাবেশ থেকে ৮ই এপ্রিল সারাদেশে হরতালের ডাক এবং ৩০শে মের মধ্যে দাবি পূরণের আল্টিমেটাম দেয়া হয় ।

দাবি পূরণ না হওয়ায় ৫ই মে ঢাকা অবরোধের ডাক দেয় হেফাজত। সেদিন সারাদেশ থেকে হেফাজতের নেতাকর্মী ও সমর্থকরা জড়ো হয় শাপলাচত্বরে।  সারাদিন মতিঝিল, বায়তুল মোকাররমসহ আশপাশের এলাকায় কোরআন পুড়ানো, রাস্তার গাছ উপড়ে ফেলা ও ভবন ভাংচুরসহ ব্যাপক তান্ডব চালায় হেফাজত। এ সমাবেশে হেফাজতকে সমর্থন জানায় বিএনপি জামাত ও জাতীয় পার্টি। কঠোর অবস্থানে যেতে বাধ্য হয় সরকার। সেদিন রাতেই যৌথবাহিনীর ত্রিমুখী অভিযানে তারা ঢাকা ছাড়তে বাধ্য হয়।

হেফাজতের দাবির প্রেক্ষিতে কওমী মাদরাসার দাওরায়ে হাদিসকে মার্স্টাস ডিগ্রীর সমমান দেওয়া হলে সরকারের সাথে হেফাজতের সুসর্ম্পক গড়ে উঠে। তবে নানা ইস্যুতে মতবিরোধীতার কারণে হেফাজতের আমির আহমদ শফী ও মহাসচিব জুনায়েদ বাবুনগরী মধ্যে বিভেদ সৃষ্টি হয়।  সেই সূত্র ধরে তাদের সদর দপ্তর চট্টগ্রামের হাটহাজারির জামিয়া ইসলামিয়া মইনুল ইসলাম মাদরাসার মহপরিচালক পদ থেকে মৃত্যুর আগের দিন গত বৃহস্পতিবার সরে দাড়াতে বাধ্য হন আহমদ শফি।