কখনো যুদ্ধাপরাধী জামায়াত নেতা সাঈদীর মুক্তি দাবি, আবার কখনো যুদ্ধাপরাধের দায়ে ফাঁসির রায় কার্যকরের পর সালাউদ্দিন কাদের চৌধুরী ও আলী আহসান মুজাহিদের জন্য মায়াকান্নাসহ জামায়াত ঘনিষ্ঠতার নানা অভিযোগ হেফাজত নেতা মামুনুল হকের বিরুদ্ধে।
এছাড়া নেতৃত্ব পরিবর্তনের মাধ্যমে জামায়াতকে নতুনভাবে মাঠে নামতে পরামর্শও দিয়েছেন মামুনুল হক। কওমি ঘরানার আলেমরা বলছেন, এজেন্ডা বাস্তবায়নে মামুনুল হককে কৌশলে মাঠে নামিয়েছে জামায়াত।
২০১৮ সালের ডিসেম্বরে জাতীয় নির্বাচনের আগে ফেসবুক লাইভে এসে হেফাজত নেতা মামুনুল হক দাবি করেন, বর্তমান সরকারের আমলে দেশের সব ইসলামি দল ক্ষতিগ্রস্থ হলেও আর্দশচ্যুত হয়নি জামায়াত-শিবির।
করোনাকালে জামায়াত নেতা যুদ্ধাপরাধী দেলোয়ার হোসেন সাঈদীর মুক্তি দাবি করেন মামুনুল। সাঈদীর মুক্তি চাওয়ায় বিভিন্ন আলেমরা মামুনুল হককে একহাত নিয়েছিলেন।
জনসমর্থন পেতে মুক্তিযুদ্ধের বিরোধিতাকারী সংগঠন জামায়াতে ইসলামীকে কৌশল পরিবর্তন করে মাঠে নামার পরামর্শ দিয়েছিলেন মামুনুল হক।
২০১৫ সালের নভেম্বের যুদ্ধাপরাধী জামায়াত নেতা আলী আহসান মুহাম্মদ মুজাহিদ ও বিএনপি নেতা সালাউদ্দিন কাদের চৌধুরীর ফাসির কার্যকরের পর বিচারপ্রার্থীর বিরুদ্ধে ক্ষোভ প্রকাশ করেন মামুনুল।
এছাড়া হেফাজতের সাবেক আমির শাহ আহমদ শফী মারা যাওয়ার পর কওমি ঘরানার আলেমদের সরিয়ে লাশের খাটিয়া মামুনুল হক জামায়াত নেতাদের হাতে তুলে দেন বলে দাবি করেন একাধিক কওমি আলেম।
এছাড়া জামায়াতে ইসলামীর একাধিক অনুষ্ঠানে অতিথি হিসেবে উপস্থিত হন মামুনুল হকের বাবা আজিজুল হক। এসব অনুষ্ঠানে তিনি যুদ্ধাপরাধী সাবেক জামায়াত আমির গোলাম আজম ও মতিউর রহমানের নিজামীর প্রশংসায় পঞ্চমুখ ছিলেন। তিনি নিজেও দেশের স্বাধীনতার বিরুদ্ধে অবস্থান নেয়ার কথা স্বীকার করেন।
এছাড়া মামুনুল হকের স্ত্রীর জামায়াত সংশ্লিষ্টতা নিয়ে নানা বক্তব্য দেন কওমি অঙ্গনের শীর্ষ আলেমরা।
তবে তার বিরুদ্ধে আনা সব অভিযোগ বারবার অস্বীকার করছেন মামুনুল হক।