রায়হানের মরদেহের দ্বিতীয় ময়নাতদন্তের প্রাথমিক রিপোর্টে  ১১১টি আঘাতের চিহ্নের কথা উল্লেখ করা হয়েছে। যার মধ্যে ১৪টি গুরুতর ছিলো বলে উল্লেখ করা হয়েছে।

রিপোর্টে বলা হয়, রায়হানের দুটি আঙুলের নখ উপড়ে ফেলা হয়। মৃত্যুর ২ থেকে ৪ ঘণ্টা আগে এসব নির্যাতন চালানো হয়। এছাড়া তার শরীরে চামড়ার নিচ থেকে প্রায় ২ লিটার রক্ত পাওয়া গেছে। এসব তথ্য উল্লে­খ করা হয়েছে।  

সিলেট এমএজি ওসমানি মেডিক্যাল কলেজ হাসপাতালের ফরেনসিক বিভাগ রায়হান আহমদের মরদেহের ময়না তদন্ত করে। ফরেনসিক বিভাগ থেকে ময়না তদন্তের রিপোর্ট পুলিশ ব্যুরো অব ইনভেস্টিগেশন (পিবিআই)-এর কাছে হস্তান্তর করা হয়। রায়হান হত্যার ঘটনায় তার স্ত্রীর দায়ের করা মামলার তদন্ত করছে পিবিআই।

সিসি ক্যামেরার ফুটেজ অনুযায়ী, ১০ই অক্টোবর রাত ৩টা ৯ মিনিট ৩৩ সেকেন্ডে স্বাভাবিক অবস্থায় রায়হানকে সিলেটের বন্দরবাজার পুলিশ ফাঁড়িতে ধরে আনা হয়। পরে সকাল ৬টা ২৪ মিনিট ২৪ সেকেন্ডে ফাঁড়ি থেকে বের করা হয়। ৬টা ৪০ মিনিটে ভর্তি করা হয় সিলেট ওসমানী মেডিকেল কলেজ হাসপাতালে। সেখানে সকাল ৭টা ৫০ মিনিটে তিনি মারা যান।