২০১৭ সালের ৪ঠা জানুয়ারি তৎকালীন উপাচার্য অধ্যাপক ড. একেএম নুর উন নবীর মেয়াদে বিশ্ববিদ্যালয়ের বিশেষ উন্নয়ন প্রকল্পের উদ্বোধন করেন প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা।

 এ প্রকল্পের আওতায় ১০ তলা শেখ হাসিনা ছাত্রী হল ও ড. ওয়াজেদ মিয়া রিসার্চ অ্যান্ড ট্রেনিং ইনস্টিটিউট ভবন, একটি স্বাধীনতা স্মারক ও দুটি ল্যাব নির্মাণের উদ্যোগ নেয়া হয়।

কাজ শুরুর কয়েক মাস পর বিশ্ববিদ্যালয়টির উপাচার্য পদে যোগ দেন অধ্যাপক নাজমুল আহসান কলিমউল্লাহ। অভিযোগ উঠেছে, উপাচার্য পদে যোগ দেয়ার পর প্রকল্পটির পরিচালক হিসেবে এক বছরের বেশি সময় দায়িত্ব পালন করেন তিনি। এসময় নির্মাণাধীন স্থাপনার অনুমোদিত ডিপিপির তোয়াক্কা না করেই ভবন দুটির নকশা পরিবর্তন, অযৌক্তিকভাবে নির্মাণ ব্যয় বাড়িয়ে দ্বিগুণের বেশি করা, বিধিবহির্ভূতভাবে পুরনো পরামর্শক প্রতিষ্ঠানকে বাদ দিয়ে নতুন পরামর্শক নিয়োগ দেন।

তবে এসব অভিযোগ অস্বীকার করেছেন উপাচার্য অধ্যাপক ড. নাজমুল আহসান কলিমউল্লাহ। তিনি বলনে, "অনিয়মের কথা যদি বলেন, তবে অবশ্যই সেটা সংঘটিত হয়েছে এবং এর দায়দায়িত্ব সম্পূর্ণভাবে আমাদের পূর্বের ভাইস চ্যান্সেলর নুর উন নবীর। কারণ তার আমলেই এই প্রকল্প দুটি শুরু হয়েছিল এবং মাটির নিচের যাবতীয় কাজকর্ম তার সময় ই সম্পন্ন হয়েছে।" 

তিনি আরো বলেন, "আমরা মাটির ওপর যেটুকু কাজ পেয়েছি সেখানে কাজ শুরুর আগেই দেখেছি গুরুতর অনিয়মের চিহ্ন আছে। সেজন্য আমরা নিজেরাই স্বপ্রণদিত হয়ে শিক্ষা মন্ত্রণালয়ে জানিয়েছি বিষয়টি তদন্ত করে খতিয়ে দেখার জন্য এবং সবাইকে জানান তিনি চিঠি প্রদান করেছি সকল স্তেক হোল্ডারের কাছে, এমনকি দুর্নীতি দমন কমিশনের কাছে। এটার ব্যাপারে আমরা আইনগত পদক্ষেপ নেব এবং কোনো অবস্থাতেই এটা গ্রহণযোগ্য না।"